华侨大学研究生院是组织实施华侨大学研究生教育工作的管理机构。其主要职能是全面贯彻落实党和国家的教育方针，执行国家学位与研究生教育工作的有关法规和政策，在学校统一领导下，总体规划、统筹管理、宏观把握和贯彻落实学校学位与研究生教育的改革与发展工作，通过研究生教育的二级管理体制对院系的研究生教育工作进行业务指导、协调服务和监督评估。研究生院下设综合科、研究生招生办公室、培养办公室、学位办公室、学科建设办公室。此外，华侨大学学位评定委员会办公室挂靠在研究生院。具体工作职责如下：
科室名称 | 主要职责 |
综合科 | 负责研究生院行政管理、综合协调、导师队伍建设与管理等工作。 |
研究生招生办公室 | 负责各类境内外研究生的招生及录取管理、境外合作事宜的管理及宣传等工作。 |
培养办公室 | 负责各类研究生的培养与管理工作，包括专业学位研究生实践能力培养与管理、研究生工作站及基地建设与管理、实践导师选聘与管理等工作。 |
学位办公室 | 负责各类研究生的学位授予工作，包括学位论文的开题报告、中期检查、预答辩、重复率电子检测等工作。 |
学科建设办公室 | 负责学科与学位点建设工作，组织开展学科（学位点）的申报、评估、日常管理以及质量监控等工作。负责各类研究生教改项目及成果奖申报管理工作。 |